Варіабельність вторинної структури ITS2 регіону рДНК як діагностичний маркер для не-marneffei видів роду Talaromyces

  • С. О. Сирчін Інститут мікробіології і вірусології ім. Д. К. Заболотного НАН України, Україна, 03143, м. Київ, вул. Академіка Заболотного, 154 https://orcid.org/0000-0002-3723-4113
  • Я. І. Савчук Інститут мікробіології і вірусології ім. Д. К. Заболотного НАН України, Україна, 03143, м. Київ, вул. Академіка Заболотного, 154 https://orcid.org/0000-0001-9872-8865
  • О. М. Юр’єва Інститут мікробіології і вірусології ім. Д. К. Заболотного НАН України, Україна, 03143, м. Київ, вул. Академіка Заболотного, 154 https://orcid.org/0000-0002-3785-0055
  • А. О. Гайдай Український інститут експертизи сортів рослин, Україна ,03041 м. Київ, вул. Генерала Родимцева, 15 https://orcid.org/0000-0001-7942-599X
  • Н. О. Сиплива Український інститут експертизи сортів рослин, Україна ,03041 м. Київ, вул. Генерала Родимцева, 15 https://orcid.org/0000-0003-0921-6361
DOI: https://doi.org/10.7124/FEEO.v38.1821
Ключові слова: не-marneffei види, Talaromyces C. R. Benj., рибосомальна ДНК, ITS2 регіон, вторинна структура ДНК

Анотація

Мета. Визначення збудників фунгемії, що належать до мікроскопічних грибів роду Talaromyces C. R. Benj., на сьогодні залишається складним завданням. Метою роботи було дослідження варіабельності вторинної структури ITS2 регіону рибосомальної ДНК потенційних не-marneffei збудників таларомікозу на основі аналізу консенсусних моделей і визначення можливості її використання як додаткового філогенетичного маркера. Методи. Використано методи порівняльного аналізу первинних послідовностей ДНК, побудови їх вторинної структури на основі найменшої вільної енергії (MFE RNAfold) й аналізу консервативних структур і точок мутації (ITS2 Database). Результати. Визначено, що ITS2 регіон досліджених видів грибів роду Talaromyces складається з 153–158 п. н. Встановлено, що моделі вторинної структури побудовані за методом MFE утворюють три класичні для ITS2 шпильки. Мутації у послідовності другої петлі з 5¢-кінця структури визнані визначальними для ідентифікації досліджених видів Talaromyces. Висновки. Вторинна структура ITS2 регіону рДНК може бути використана як додатковий маркер при молекулярній ідентифікації відомих не-marneffei збудників таларомікозів.

Посилання

Li L., Chen K., Dhungana N., Jang Y., Chaturvedi V., Desmond E. Characterization of Clinical Isolates of Talaromyces marneffei and Related Species, California, USA. Emerging Infectious Diseases. 2019. Vol. 25 (9). P. 1765–1768. https://doi.org/10.3201/eid2509.190380.

Lücking R., Aime M.C., Robbertse B., Miller A. N., Aoki T., Ariyawansa H. A. Cardinali G., Crous P. W., Druzhinina I. S., Geiser D. M., Hawksworth D. L., Hyde K. D., Irinyi L., Jeewon R., Johnston P. R., Kirk P. M., Malosso E., May T. W., Meyer W., Nilsson H. R., Öpik M., Robert V., Stadler M., Thines M., Schoch C. L. Fungal taxonomy and sequence-based nomenclature. Nature Microbiology. 2021. Vol. 6 (5). P. 540–548. https://doi.org/10.1038/s41564-021-00888-x.

Narayanasamy S., Dat V. Q., Thanh N. T., Ly V. T., Chan J. F-W., Yuen K-Y., Ning C., Liang H., Li L., Chowdhary A., Youngchim S., Supparatpinyo K., Aung N. M., Hanson J., Andrianopoulos A., Dougherty J., Govender N. P., Denning D. W., Chiller T., Thwaites G., van Doorn H. R., Perfect J., Le T. A global call for talaromycosis to be recognised as a neglected tropical disease. The Lancet Global Health. 2021. Vol. 9. e1618–e1622. https://doi.org/10.1016/S2214-109X(21)00350-8.

Samson R. A., Yilmaz N., Houbraken J., Spierenburg H., Seifert K. A., Peterson S. W., Varga J., Frisvad J. C. Phylogeny and nomenclature of the genus Talaromyces and taxa accommodated in Penicillium subgenus Biverticillium. Studies in Mycology. 2011. Vol. 70 (1). P. 159–183. https://doi.org/10.3114/sim.2011.70.04.

Schoch C. L., Seifert K. A., Huhndorf S., Robert V., Spouge J. L., Levesque C. A., Chen W. Fungal Barcoding Consortium; Fungal Barcoding Consortium Author List. Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA bar-code marker for Fungi. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2012. Vol. 109 (16). P. 6241–6246. https://doi.org/10.1073/pnas.1117018109.

Visagie C. M., Yilmaz N., Kocsubé S., Frisvad J. C., Hubka V., Samson R. A., Houbraken J. A review of recently introduced Aspergillus, Penicillium, Talaromyces and other Eurotiales species. Studies in Mycology. 2024. Vol. 107. P. 1–66. https://doi.org/10.3114/sim.2024.107.01.

Wei H., Thammasit P., Amsri A., Pruksaphon K., Deng F., Nosanchuk J. D., Youngchim S. An overview of rapid non-culture-based techniques in various clinical specimens for the laboratory diagnosis of Talaromyces marneffei. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 2025. 15. 1591429. https://doi.org/10.3389/fcimb.2025.1591429.

Won E. J., Lee J., Baek J. S., Seol S., Park S., Lee H. B., Sung H., Kim M. Unusual fungemia caused by non-marneffei Talaromyces in an immunocompetent host. ASM Case Reports. 2025. 1. e00096-25. https://doi.org/10.1128/asmcr.00096-25.